Les premiers archivistes s'attachèrent principalement à recueillir les papiers des intendances du XVIIIe siècle, les archives des administrations françaises ayant fonctionné entre 1792 et 1814, et celles de la période sarde (1815-1860). Cela permit la constitution des séries administratives C (Ancien Régime), L (Révolution et Premier Empire) et FS (Fonds sarde). S'y ajouta en 1862 le bel ensemble, fleuron des archives savoyardes, des mappes et des registres du cadastre de 1738, qui avait été ramené de Turin à Chambéry en 1802. Le noyau ainsi constitué n'a cessé de s'accroître depuis lors. Alimentées par les versements normaux des administrations, des tribunaux, des études notariales, ou par des fonds ecclésiastiques en application de la loi de séparation de 1905, les Archives s'enrichirent en outre de dépôts d'archives communales et hospitalières, et de dons et d'achats d'archives privées. Une des étapes marquantes de l'accroissement des fonds intervint après la Seconde Guerre mondiale, par la rétrocession d'une partie des archives du duché de Savoie, transférées à Turin à partir du XVIe siècle et surtout au XVIIIe siècle, à la suite de la suppression de la Chambre des Comptes de Chambéry. Envisagée dès 1860, la cession fut stipulée dans le traité signé en 1947 entre la France et l'Italie, et réalisée en 1951 au bénéfice des deux départements savoyards. Le partage de 1955 attribua à la Haute-Savoie plusieurs fonds ecclésiastiques mais surtout les archives du comté de Genève (XIIIe-XIVe siècles) et une partie de celles de l'apanage de Genevois (XVè-XVIIème siècle), dont Annecy avait été la capitale. Ces fonds forment la série SA. Dans cette série se trouve le document original le plus ancien : la donation d'Ambilly par l'évêque de Langres, Lambert, au comte Humbert de Savoie en date du 8 avril 1022.